Peru
Natla wysyła Larę do Peru, gdzie wysoko w górach odkrywa tajemne wejście do zaginionego grobowca Qualopec. Podczas wędrówki przez zaginioną cywilizację miasta Inków, gdzie wydaje się, że czas się zatrzymał, napotkamy wielu przeciwników, głownie wilki, nietoperze, niedźwiedzie a nawet dinozaury. Poziomy w Peru nie są zbyt wymagające, więc nie powinniście mieć z nimi większych problemów.

• Level 1: Caves
• Level 2: City of Vilcabamba
• Level 3: The Lost Valley
• Level 4: Tomb of Qualopec

Europa
Przygoda w Europie rozpoczyna się od plądrowania klasztoru St. Francis, wybudowanego setki lat temu na zboczu gór, który pamięta jeszcze czasy starożytnej Grecji i Rzymu. Tutaj Lara walczy głownie z lwami, alligatorami czy małpami, ścigając się przy tym z czasem, oraz z jednym ze swoich rywali, Pierrem DuPont, by zdobyć drugą część the Scion. Poziomy trudności na tych levelach wahają się od średniego do trudnego.

• Level 5: St. Francis Folly
• Level 6: Colosseum
• Level 7: Palace Midas
• Level 8: Cistern
• Level 9: Tomb of Tihocan

Egipt
W ukrytym kanionie niedaleko Doliny Królów, Lara odkrywa starożytne piramidy, które stają się następnym celem jej przygody. Na jej drodze staną tym razem pumy, krokodyle a nawet zaskakujące, mistyczne potwory. Legenda głosi, że w tym miejscu został pochowany dawny władca Atlantis, wraz z ostatnią, trzecią częścią the Scion. Naszym zadaniem jest oczywiście odzyskać upragniony artefakt. Wszystkie levele w Egipcie odznaczają się bardzo wysokim poziomem trudności.

• Level 10: City of Khamoon
• Level 11: Obelisk of Khamoon
• Level 12: Sanctuary of the Scion

Atlantis
Larze nareszcie udaje się wytropić Natlę. Okazuje się, że przebywa ona na jednej z odległych wysp, gdzie członkowie jej firmy, Natla Technologies, za pomocą min i ładunków wybuchowych odkryli część wielkiej piramidy Atlantis. Nareszcie wszystko się wyjaśni! Poniższe levele należą do najtrudniejszych w całej grze.

• Level 13: Natla's Mines
• Level 14: Atlantis
• Level 15: The Great Pyramid